1990-91: Έχασε την Ασπίδα αφού ηττήθηκε από τη Νέα Σαλαμίνα με 1-0. Στο πρωτάθλημα πήρε τη 3η θέση ενώ στο κύπελλο αποκλείστηκε από τον 1ο γύρο όταν ηττήθηκε δύο φορές από τον Απόλλωνα.
1991-92: Το ΑΠΟΕΛ κατέκτησε το πρωτάθλημα μετά από μια δυνατή μονομαχία με την Ανόρθωση. Στο κύπελλο όμως αποκλείστηκε στο προημιτελικό από την Ομόνοια
1992-93: Απέκλεισε στο κύπελλο κυπελλούχων την Μπάγκο Ιρλανδίας με 1-1 εκτός και 2-1 στην Λευκωσία αλλά στη συνέχεια έπεσε πάνω στην μεγάλη τότε Παρί Σεν Ζερμαίν και αποκλείστηκε με 0-1 στη Λευκωσία και 0-2 στη Γαλλία. Κατέκτησε την Ασπίδα για 4η φορά όταν νίκησε τον Απόλλωνα με 3-0. Στο πρωτάθλημα πήρε την 4η θέση ενώ αναδείχθηκε Κυπελλούχος για 13η φορά όταν στον τελικό νίκησε με 4-1 τον Απόλλωνα.
1993-94: Κατέκτησε εκ νέου την Ασπίδα όταν επιβλήθηκε της Ομόνοιας με 4-3.Στο πρωτάθλημα πήρε την 3η θέση ενώ στο κύπελλο αποκλείστηκε στον ημιτελικό από την Ανόρθωση.
1994-95: Κινδύνεψε σοβαρά για διαβάθμιση αλλά στο τέλος ανέκαμψε και πήρε τελικά την 5η θέση. Πρώτος σκόρερ του πρωταθλήματος ο Γιόζεφ Κίπριχ με 25 τέρματα. Στο κύπελλο παρουσίασε τον καλό του εαυτό και κατέκτησε πανηγυρικά το τρόπαιο όταν στον τελικό νίκησε με 4-2 τον Απόλλωνα.
1995-96: Απέκλεισε την Νέφτσι Μπακού από το Αζερμπαϊτζάν με 3-0 και 0-0 για το κύπελλο κυπελλούχων. Στον επόμενο γύρο υποχρέωσε σε ισοπαλία 0-0 τη Λα Κορούνα αλλά έχασε με 
8-0 στον επαναληπτικό. Αυτή τη χρονιά το ΑΠΟΕΛ πέτυχε το νταμπλ για 4η φορά στην ιστορία του. Κατέκτησε το πρωτάθλημα χωρίς να δεχτεί ήττα ενώ στο κύπελλο νίκησε στον τελικό την ΑΕΚ με 2-0 και πήρε το τρόπαιο για 15η φορά.
1996-97: Ιδρύθηκε η εταιρεία ΑΠΟΕΛ Ποδόσφαιρο Λτδ. Μια σημαντική εξέλιξη αφού διαχωρίζονται εντελώς η διοίκηση και τα οικονομικά της Ποδοσφαιρικής ομάδας του ΑΠΟΕΛ από τις υπόλοιπες δραστηριότητες του σωματείου. Αυτή η εξέλιξη ήταν επιβεβλημένη για να βγει η ομάδα από το οικονομικό αδιέξοδο στο οποίο είχε περιέλθει. Ο Μάικ Ιωαννίδης ήταν ο πρωτεργάτης για τη σύσταση της εταιρείας και ο πρώτος πρόεδρος του Διοικητικού Συμβουλίου της. Η εταιρεία ξεκίνησε τη λειτουργία της με αρχικό μετοχικό κεφάλαιο 600000ΛΚ ενώ μεταξύ σωματείου και εταιρείας υπογράφηκε συμφωνία με πενταετή διάρκεια για καταχώρηση στην εταιρεία των δικαιωμάτων του ποδοσφαιρικού τμήματος έναντι του ποσού των 100000ΛΚ ετησίως. Η συμφωνία αυτή έκτοτε ανανεώνεται κάθε 5 χρόνια. Στα ποδοσφαιρικά το ΑΠΟΕΛ έκανε μεγάλη πορεία στην Ευρώπη στο κύπελλο ΟΥΕΦΑ. Απέκλεισε κατά σειρά τις Σαντογιάρ με 5-1 εκτός και 4-2 εντός και τον Ηρακλή Θεσσαλονίκης με 1-0 εκτός και 2-1 εντός αλλά στην επόμενη φάση αποκλείστηκε από την Εσπανιόλ αφού έφερε 2-2 εντός έδρας και ηττήθηκε με 1-0 στην Ισπανία. Κατέκτησε την Ασπίδα για 6η φορά όταν νίκησε με 1-0 την ΑΕΚ. Στο πρωτάθλημα πήρε την 5η θέση αλλά στο κύπελλο κατάφερε και κατέκτησε για άλλη μια φορά το θεσμό. Νίκησε στον τελικό την Ομόνοια με 2-0.
1997-98: Στην Ευρώπη και στο κύπελλο ΟΥΕΦΑ απέκλεισε την ΙΒ Τόρσαβν από τα Νησιά Φαρόε με 6-0 και 1-1. Η νίκη που πέτυχε με 6-0 στη Λευκωσία είναι η δεύτερη μεγαλύτερη αφού ισοφάρισε τη νίκη του1963 επί της Τζόβικ Λύν Όσλο. Στη συνέχεια αποκλείστηκε από τη Στούρμ Γκρατς της Αυστρίας με 0-1 και 0-3. Στο πρωτάθλημα είχε μια πολύ άσχημη χρονιά αφού τερμάτισε στην 7η θέση και στο κύπελλο αποκλείστηκε στον προημιτελικό από την Ανόρθωση. Παρόλα αυτά στο ξεκίνημα της περιόδου το ΑΠΟΕΛ κέρδισε για 7η φορά στην ιστορία του την Ασπίδα όταν νίκησε την πρωταθλήτρια Ανόρθωση με 2-1.
1998-99: Πήρε την 3η θέση στο πρωτάθλημα αλλά αναδείχθηκε Κυπελλούχος Κύπρου για 17η φορά όταν στον πολυσυζητημένο τελικό νίκησε την Ανόρθωση με 2-0.
1999-00: Το ΑΠΟΕΛ αλλάζει έδρα. Καινούργια έδρα του γίνεται το νέο ΓΣΠ. Έχασε την Ασπίδα από την Ανόρθωση αφού ηττήθηκε με 2-0. Στο πρωτάθλημα πήρε την 3η θέση ενώ στο κύπελλο έχασε στον τελικό από την Ομόνοια με 4-2.
